Au début des années 90, la fédération a éprouvé le besoin de se doter d'un comité d'honneur et d'inscrire cette instance à caractère consultatif dans ses statuts.

Sa composition
Présidé par André Gast, le comité d'honneur réunit 24 personnalités du monde protestant, dont le critère commun est de manifester un réel intérêt pour articuler les questions sociales et sociétales avec leurs convictions.
Le président de la Fédération Protestante de France et le président de la Fédération de l'Entraide Protestante y sont invités permanents.

Ses objectifs
• Constituer un groupe de personnalités, qui de part leur notoriété et expériences, favorise au sein de la fédération, la création d'un « fonds d'intervention » doté de moyens financiers pouvant être mis à disposition de ses adhérents, pour tout projet de développement ou d'activité nouvelle,

• Remplir le rôle d’un comité des sages en étant à l'écoute des informations, réflexions et préoccupations émanant des acteurs de la diaconie protestante dans les secteurs sanitaire, médico-social et social,

• Emettre auprès du conseil d'administration de la fédération des réflexions et avis. Il peut être également saisi par le conseil d'administration sur toute question relative à l'actualité sanitaire et sociale, à la vie associative, aux relations entre associations, pouvoirs publics, monde de l'entreprise et société civile.