La Fédération de l’Entraide Protestante a été créée en 1985 et reconnue d’utilité publique en 1990. Elle rassemble alors les associations et fondations précédemment adhérentes de la Fédération Protestante des Oeuvres (F.P.O.) et de l'Entraide Protestante-fédération nationale (E.P.f.n.), soit 200 associations dans le secteur social.
Ses missions dans la lutte contre la pauvreté et les précarités apparaissent dans sa Charte, adoptée en 1985.

Le projet d’orientation, présenté en 1992 par Bernard Rodenstein, président à l’époque de la F.E.P., met l’accent sur la nécessaire adaptation du travail de la fédération à l’évolution de la société.
Les perspectives proposées alors pour les années à venir :

• Développer une « diaconie interstitielle », une diaconie européenne
• Travailler avec l’opinion publique et les pouvoirs publics
• Mettre en commun le savoir-faire, les expériences et les déterminations dans les secteurs de la diaconie, du sanitaire et du social

En 2001 lors de l’assemblée générale, un nouveau Conseil d’administration  pour la Fédération de l’Entraide Protestante se met en place avec à sa tête, Hubert Pfister.
Les orientations de la F.E.P. :

• Connaître les associations et institutions adhérentes, leurs actions et leurs préoccupations ;
• Se connaître, afin de susciter une dynamique de réseaux régionaux et nationaux ;
• Faire connaître les engagements, réalisations et préoccupations de chacun, auprès des Eglises, des pouvoirs publics et de la société civile, et contribuer ainsi à « faire société ».

Un nouvel élan est donné au découpage régional de la fédération. De huit régions, on passe à cinq : la région Arc Atlantique, la région Arc méditerranée, la région Grand-Est, la région Rhônes-Alpes-Centre, la région Nord-Normandie-Ile-de-France.

Brève chronologie